一、屡战屡败，放弃外围
早在1852年12月的时候，清军就已经开始筹划南京的城防了，他们在城上设置270门大炮，同时还派出三千人驻扎在城外，“互为掎角之势”。可是，清朝的这些安排根本无济于事。因为要想守住南京，必须控制长江，实现江防、城防的结合。然而，清军的水军屡战屡败，先是在武穴溃败，接着又兵败四合山，水师根本不敢在上游进行堵截。
长江交通线落入太平军的控制之下，南京城外的守军也不给力。原本他们驻守在战略要地雨花台等地，可是到了3月5日，两江总督陆建瀛下令将十三座城门用土袋堵死。城外守军闻讯，根本不敢留在城外，扔下大批辎重，仓皇逃入城中。至此，清军在南京城外的阵地全部放弃，他们如同瓮中之鳖。
二、兵力不足，士气低落
南京城虽然高大、坚固，但是规模太大，全城周长96里，有13座城门，1.6万个垛口，仅按照垛口派兵防守，也得需要1.6万人！城内根本没有这么多守军，因为在此之前，不断抽调南京的守军去支援其他地区，导致城内兵力空虚，城内只剩下两千余人，加上城外逃回来的三千余人，总共也只有五千人。
兵力不足，只能临时募勇来充数。1852年底，藩司祁宿藻就在白衣庵设置保卫总局，请南京的乡绅负责此事。然而，保卫总局空有其名，他们原本负责城内治安，结果连自己的器械都丢失了。于是在1853年2月，城内又设置筹防局，并让原广西巡抚邹鸣鹤负责。结果，筹防局和保卫总局差不多，根本无济于事。
三、炸药破城，势如破竹
交战之前，清军在城内拼凑了两万余人，大多数是临时招募的壮勇，没有什么战斗力。3月7日，李开芳率领前锋抵达南京城外，但他没有着急攻城。之后，林凤祥率领主力陆续抵达城外，并且在各个城门外布置兵力。3月9日，太平军开始炮击城内清军，到了3月11日，太平军在报恩寺设置的大炮，击毁了聚宝门城楼。
到了3月12日，太平军的战船蔽江而来，水陆并进，包围了南京城。与此同时，太平军在城外挖掘地道，准备进行爆破。到了3月19日清晨，随着一声巨响，仪凤门被炸开，太平军冲入城中，总督陆建瀛被杀，之后李开芳攻破聚宝门，大军进入城中。19日晚，南京城基本上被太平军控制。第二天太平军又攻破了满城，彻底占领南京。