一、君臣反目
东晋建立之初，王导导内掌朝政，王敦外握兵权，琅邪王氏子弟全部出任要职，形成“王与马，共天下”的局面。虽然，司马睿在登基时，想让王导与自己共坐龙床，但作为一个皇帝，司马睿绝对不愿意别人与自己共享皇权。琅邪王氏已经严重威胁到了司马睿的权力，他不甘心做傀儡皇帝，所以采取了一系列措施，来打压对方的力量。
在朝中，司马睿重用丹阳尹刘隗、尚书令刁协，利用两人来削弱王导的势力；在地方上，司马睿拒绝了王敦的奏请，而是任命宗室司马承为湘州刺史，来牵制位于荆州的王敦。321年，司马睿将扬州诸郡的僮客恢复平民的身份，征用为士兵，之后让戴渊、刘隗率领这些军队镇守合肥、淮阴等地，名义上是防备后赵，实际上是提防王敦。
二、首次起兵
王敦闻讯后，给刘隗写了一封信，表示希望与他和好，两人“戮力王室，共静海内”。可是，刘隗却回信说：“鱼相忘于江湖，人相忘于道术。竭股肱之力，效之以忠贞，吾之志也。”王敦看完信后勃然大怒，他决定向建康进军，于是打出“清君侧”的旗号。321年，王敦在荆州起兵。司马睿大怒，下旨“有杀敦者，封五千户侯”。
司马睿虽然积蓄了一些力量，但并不是王敦的对手，刁协被随从所杀，刘隗逃往后赵。王敦率军进入建康城内，大肆纵兵劫掠，司马睿无奈地说道：“欲得我处，但当早道，我自还琅邪，何至困百姓如此！”简而言之，王敦第一次起兵主要是因为司马睿妄图打破了皇室与琅邪王氏之间的政治平衡，才引发了这场战争。
三、再度起兵
王敦经过一番调整，“四方贡献多入己府，将相岳牧悉出其门”，琅邪王氏又掌控了东晋朝廷，于是他离开了建康。323年四月，王敦由武昌移镇姑孰，进一步控制了扬州。此时，江州、荆州、徐州等战略要地也在王敦的控制之下，王敦的野心逐渐膨胀。与此同时，年轻有为的晋明帝司马绍也不甘心做傀儡，积极部署，准备与王敦一战。
此时王敦已经病重，他筹划了三个方案，可是他的心腹钱凤却认为举兵东下，推翻东晋朝廷乃是上策。同时，晋明帝派温峤探听王敦所部的情况，“具言敦逆谋”。324年，司马绍宣称王敦已死，派兵讨伐钱凤。王敦大怒，于是第二次起兵反叛。但是这一次，王敦没有取得胜利，还病死于军中，后遭到戮尸。王敦妄图打破政治平衡，但最终未能成功。