一、内部矛盾
1644年五月十五，朱由崧在争议中登基称帝。第二天，马士进入内阁主持政务，并且兼并任兵部尚书。二十日，史可法渡江北上，前往淮阳督师。由于朱由崧是福王朱常洵之子，所以东林党人坚决反对由他继承皇位，而朱由崧得到了马士英的支持。所以朱由崧即位后，马士英与东林党人之间展开了激烈的斗争，许多人纷纷离职。
与此同时，为了让朱由崧即位，马士英与武将们勾结，得到了高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清等人的支持。弘光帝即位后不久，就对这些败军之将们进行封赏，他们仗着拥立之功，骄横跋扈，根本不把朝廷放在眼里，甚至为了争夺地盘自相残杀，根本没有北伐的愿望。由于南明存在着严重的内部矛盾，所以根本没有力量北上收复失地。
二、战略错误
除了内部问题外，南明的对外战略也存在着严重的错误，他们没有搞明白清朝、吴三桂的情况，仍然将李自成的大顺军视为头号敌人，居然做起了“借虏平寇”的白日梦。五月二十八日，南明朝廷采纳了马士英的建议，封吴三桂为蓟国公，“发银五万两、漕米十万石”。史可法建议，“敕下兵部，会集廷臣，既定应遣文武之人，或径达虏主（指顺治帝），或先通九酋（指多尔衮）”。
史可法还认为，“庶款虏（指清朝）不为无名，灭寇（指李自成）在此一举矣”。刘宗周也上疏建议，“亟驰一介，间道北进，或檄燕中父老，或起塞上夷王，……苟仿包胥之义，虽逆贼未始无良心”。整个南明朝廷几乎都认为“借虏平寇”实乃上策，根本没有意识到清朝才是他们最大的对手。于是在六月二十一，南明派左懋第、陈洪范率领使团北上。
三、白日做梦
使团携带着“白银十万两、黄金一千两、绸缎一万匹”，他们的任务是“前往北京谒陵，祭告先帝；通谢清王，并酬谢剿寇文武劳勋”。九月初五，使团进入山东济宁，此地已经是清朝的统治范围，但直到十月十二日才进入北京。之后，南明使者与清朝官员之间发生了激烈地争论，清朝拒绝了南明的所有要求，还指责他们“突立皇帝”，不承认弘光政权的合法性。
双方不欢而散，之后使团离开了北京，可是没想到陈洪范却暗中投降了清朝，还请求清朝扣押左懋第等人，让他返回南方，去招降南明诸将。十二月十五日，陈洪范抵达南京，他一方面忽悠南明君臣，另一方面策反南明将领。左懋第则拒绝了清朝的招降，在弘光政权覆灭后遭到杀害。南明政权建立后，内部纷争不断，对外决策失误，这样的政权怎么能顶住清朝的进攻呢？