一、成为皇帝
342年，东晋第三位皇帝司马衍（晋成帝）喜得贵子，后宫的周贵人为他生下了第二个儿子，取名为司马奕。然而就在这一年六月，年仅二十二岁的晋成帝司马衍病死，将皇位让给了弟弟司马岳，即晋康帝。司马岳在即位后，加封“成帝子丕为琅邪王，奕为东海王”。两年后，晋康帝司马岳病死，其子司马聃继位。
没想到晋穆帝司马聃也是个“短命鬼”，于361年五月，司马聃病死，年仅19岁。此时，司马丕、司马奕已经逐渐长大，由于晋穆帝没有儿子，所以皇冠落到了司马丕的头上。然而，司马丕“雅好黄老”，对于长生不老很感兴趣，年纪轻轻就大量服食丹药，结果中毒，“不识万机”。365年，年仅二十五岁的司马丕病死，谥号为哀皇帝。就这样，司马奕成为了新的皇帝。
二、无所作为
365年二月二十三，皇太后褚蒜子下诏，“琅邪王奕，明德茂亲，属当储嗣，宜奉祖宗，纂承大统”。之后，文武百官来到了琅邪王府，迎接司马奕入宫继承大统。此时的天下仍然处于混乱分裂之中，前燕占据着黄河中下游地区，前秦割据关中地区，东晋偏安东南。而东晋的大权掌握在权臣桓温的手中，这就注定了司马奕将是一个傀儡皇帝。
桓温是个野心家，他早就有篡位的想法，但碍于朝中还有不少支持东晋朝廷的，所以未能如愿。所以桓温希望通过北伐建立战功，然后取而代之，于是他在369年亲率五万大军北伐。然而天不遂人愿，桓温在枋头之战被前燕名将慕容垂击败，结果损失惨重，“死者三万人”。经过这场惨败，桓温的威望一落千丈，威名顿挫。
三、惨遭废黜
为了重拾威望，郗超向桓温献策，“若不能行废立大事、为伊霍之举者，不足镇压四海，震服宇内，岂可不深思哉！”桓温深以为然，于是在371年十一月来到了建康。然而，司马奕在政治上并没有什么过失，所以桓玄只能在“生活作风”上诬蔑司马奕。桓温放出话来，说司马奕在藩邸的时候就患有痿疾，“嬖人相龙、计好、朱灵宝等参侍内寝”。
与此同时，还说“二美人田氏、孟氏生三男”，并不是司马奕的儿子。在桓温的压迫下，褚太后被迫下旨，说司马奕“昏浊溃乱，动违礼度，有此三孽，莫知谁子，人伦道丧，丑声遐布”，“今废奕为东海王，以王还第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事”。372年正月，司马奕又被降封为海西公。他小心翼翼，总算是保住了性命，于386年病死，终年四十五岁。